棉花種子種皮厚而堅硬，且被短絨包裹著，導熱性差，在低溫干燥條件下貯藏，壽命可達10年以上。但如果水分和溫度較高就會使棉花種子的呼吸作用加強，不僅消牦養分，而且還產生水分和放出熱量，導致種子堆發熱霉變，降低活力。
　　一、棉花種子貯藏前的準備工作
　　1．棉花種子的準備。①選擇飽滿成熟的霜前棉花種子。飽滿成熟的棉花種子種皮結構致密而堅硬，外有蠟質可防御外界溫、濕度的影響，種皮內含有約 7.6%的鞣酸物質，具有一定的抗菌作用，耐藏性好。未成熟的棉花種子不耐貯藏。②剔除破損粒、霉爛粒，病蟲粒。③嚴格控制棉花種子安全入庫標準：水分不超過11%～12%，凈度不低于99.5%，發芽率在80%以上。這三項指標中有一項達不到即為不合格棉花種子，不能入庫貯藏。
　　2．倉庫的準備。①倉庫使用前應該全面檢查，確定倉庫門窗關閉是否靈活，隔熱和密封效果是否完好，監控倉庫溫、濕度的儀表是否能正常工作等。② 清倉和消毒：清倉不僅將倉內不同品種的棉花種子、雜質、垃圾等全部清除，還要清理倉具、輸送管道以及鏟除倉外的雜草等；空倉消毒可用敵百蟲或敵敵畏等處理。
　　二、棉花種子貯藏期間的管理工作
　　1．溫度檢查，入冬以后，水分在11%以下，每隔5～10天檢查1次，12%以下則應每天檢查。溫度檢查應在倉內的不同方位、不同層次定時定點進行。
　　2．通風，通風必須根據倉庫內外的溫度和相對濕度而定。當外界溫、濕度均低于倉內時，是通風的*時機，此時通風既可降溫又可排濕；當倉外溫度與倉內溫度相同，而倉外濕度低于倉內或倉內外濕度基本相同，或倉外溫度低于倉內時，也可以通風，前者以散濕為主，后者以降溫為主。
　　3．定期檢測棉花種子質量。貯藏期間要定期檢查棉花種子質量，以便及時了解棉花種子的貯藏情況，檢測通常包括棉花種子發芽率試驗，水分測定、游離脂肪酸測定、健子率測定，如發現問題應及時解決，如加強通風、晾曬、倒倉等。
　　4．防火。棉籽有短絨，本身含油量又高，遇到火種就容易引起燃燒。所以要嚴禁火種接近棉花種子倉，倉庫周圍也不要堆放易燃品。工作人員進倉離開時要及時關閉電源。